blast 本地安装和使用教程

基本局部比对搜索工具 (BLAST) 可查找两个序列之间具有局部相似性的区域。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较，并计算匹配的统计显着性。BLAST 可用于推断序列之间的功能和进化关系，以及帮助识别基因家族的成员。

下载与安装

下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

这里我下载的是 Linux 系统的下的 blast 版本. 下面的使用教程也是在 Linux

系统上

解压之后放在你想安装的目录下，就可以了，可执行文件是在 bin 目录下

快速使用

构建数据库

makeblastdb -in -dbtype nucl -out -parse_seqids

# -dbtype , nucl：输入的是 DNA 序列, prot: 输入的是蛋白序列

如果你是使用 ncbi 下载的号的 nr nt 库就不用自己构建这数据库了.

比对

blastn -db -query -outfmt -num_threads -out

-outfmt: 输出的格式，常用的是 6 或者 7, 其格式内容如下

列名

含义

query acc.ver

查询序列名字

subject acc.ver

数据库钟序列的名字

% identity

匹配长度占比

alignment length

匹配长度

mismatches

错配数目

gap opens

gap 数目

q. start

匹配上的查询序列起始位置

q. end

匹配上的查询序列起始位置

s. start

匹配上的数据库中的序列起始位置

s. end

匹配上的数据库中的查询序列起始位置

evalue

期望值, 值越小，匹配越好

bit score

Bit 分值, 值越高，序列相似性越好

参考资料：

https://ravilabio.info/notes/bioinformatics/e-value-bitscore.html

https://www.jianshu.com/p/de28be1a3bea